学院拥有浙江省重点建设高校优势特色学科、一流学科、重点学科——生态学学科，建有城镇水污染生态治理技术国家地 方联合工程研究中心、教育部-浙江省共建生物医药“2011”协同创新中心、浙江省水环境与海洋生物资源保护重点实验室等 省部级以上科研平台7个。与日本东京大学联合成立“国际水生态环境研究中心”，与日本京都大学联合成立“国际水资源与 水生态研究中心”，与加拿大北英属哥伦比亚大学联合成立“生态与环境研究中心”。 学院科研以水环境生态修复为特色，以区城环境问题为起点，以面向全国应用为目标，在分散式生活污水生态处理技术、 水体富营养化、蓝藻水华发生机理及控制技术等水域生态学研究方向形成特色和优势，取得了具有国际领先水平的科研成果。 温州特色养殖海藻羊栖菜的良种选育、生物活性多糖的高附加值开发以及小型动物生理生态学研究进入国内先进行列。 学院与温州生态园管委会共建“伟德国际1946源于英国三垟湿地生态环境研究院”，聚焦湿地保护修复科技前沿与热点，以及三垟湿地 生态保护与科学修复中的技术难点，建成集实践教学、野外监测、科学研究为一体的实训基地和高层次科技人才培养重地， 支撑温州市创建国际湿地城市，并以建成“浙江三垟湿地生态系统国家野外科学观测研究站”为长远目标。